El Instituto Superior de Estudios Eclesiásticos ha desarrollado la enseñanza de la Teología como heredero de la tradición formativa de los ministros ordenados en la Ciudad de México desde la fundación misma de la Real y Pontifica Universidad Pontificia de la Nueva España.

En la época contemporánea se definió como un Instituto con estructura universitaria eclesiástica que diera forma a la actual Universidad Pontificia de México. Una vez logrado este objetivo el ISEE recobró su carácter de sede para la formación de pastores, de ahí que su principal misión es la formación sacerdotal. Actualmente esta finalidad ha permitido un desarrollo en el campo de ofertas académicas der especialización con un corte muy específico en el ámbito pastoral, catequético y científico.

Actualmente la Escuela de Teología del ISEE ofrece la Licenciatura civil en Teología (REVOE acuerdo SEP 2012264) con reconocimiento de Bachillerato pontificio (UPM). Otra modalidad de esta licenciatura es la semipresencial en línea.

A nivel de maestrías se imparten los programas de Maestría en Pastoral Urbana y la Maestría en Pedagogía Catequética, ambas con reconocimiento civil SEP. En breve se ofrecerá la Maestría en Teología.

Diversos diplomados y especialidades: Diplomado en Teología, Diplomado en formación musical y litúrgica, Diplomado en pastoral litúrgica y la Especialidad patrística.

Forma parte de la Escuela de Teología del ISEE el Instituto Sedes Sapientiae, que por muchos años ha sido la escuela de catequistas de la Arquidiócesis de México.